A principal rota da biopirataria no país é Amazônia, por concentrar a maior diversidade biológica do país, mas outros ambientes também são alvo.
Embora sobrando apenas uma pequena porcentagem do seu território original, a Mata Atlântica continua sendo um dos principais alvos. Ela concentra grande parte das pesquisas científicas realizadas no Brasil.
O Pantanal e a Caatinga também são muito "atacados", por apresentarem um bom potencial biológico.
